Пожалуй, эту вещь надо поставить сразу. Virtualenv позволяет устанавливать сторонние пакеты точечно, для тех проектов, в которых они используются.
pip install virtualenv # создаем папку project со своими site-packages virtualenv --no-site-packages project cd project # активируем virtualenv source bin/activate # смотрим какие пакеты установлены yolk -l # устанавливаем новые pip install package # выходим из виртуальной среды deactivate